Secret Files: Tunguska е класическа "пойнт енд клик" приключенска игра, която се опитва да ни покаже виждането на разработчиците за това, което се е случило в Тунгуска. Години след самата експлозия, доктор Владимир Каленков отива на експедиция в региона Тунгуска в Сибир, за да разследва причините за експлозията, но в крайна сметка мистериозно изчезва. Това не предвещава нищо хубаво за Нина - главната героиня в Secret Files, която и без това вече има доста проблеми с баща си. Светът на Нина Каленкова се обръща с главата надолу, когато разбира че баща й, ученият Владимир Каленков, е изчезнал без следа. Тъй като полицията не може да помогне, Нина решава сама да се заеме и да търси следи. По пътя си тя среща Макс Грубер, един от колегите на баща й, който и предлага помощ. Следите завеждат Нина и Макс до мистериозното бедствие в Тунгуска, случило се в Сибир през 1908, което е било разследвано от Владимир Каленков. Дали експедицията на бащата на Нина има нещо общо с изчезването му? Търсенето на отговори води двамата герои от Берлин по целия свят и дори до Антрактида, и те скоро разбират, че има и други, които се интересуват от тайните на Владимир. В последствие става ясно, че има нещо повече от изчезването на един стар човек.